所谓基金预算支出，是指财政预算部门用基金预算收入安排的支出。

与基金预算收入相对应，基金预算支出也相应分类：

（1）工业交通部门基金支出，包括三峡工程基金、电力建设基金、车辆购置费、养路费、铁路建设基金、公路建设基金、民航基础设施建设基金、邮电附加费、港口建设费等项支出；

（2）商贸部门基金支出，如中央外贸发展基金支出；

（3）文教部门基金支出，包括城市教育费附加支出、农村教育费附加支出、文化事业建设费等项支出；

（4）社会保障基金支出，包括企业职工基本养老金保险基金、职工医疗保险基金、企业职工失业保险基金、企业女生育保险基金等项支出；

（5）农业部门基金支出，包括灌溉水源灌排工程补助支出、育林基金专项支出等；

（6）其它部门基金支出，包括旅游发展基金支出、矿产资源补偿费支出、排污费支出、城市水资源费支出等；

（7）地方财政税费附加支出，包括基本建设支出、挖潜改造支出、城市维护支出、行政事业经费支出等。

各项基金都有特定的来源和用途，因此，总预算会计对其进行核算时应本着先收后支、分项核算的原则。所谓先收后支指总预算会计必须认真的确认单位调拨的项目是否有足够的资金来源的情况下，才能予以拨款；分项核算指总预算会计必须按国家预算基金收支科目的规定对不同基金项目进行分别核算。基金预算支出设置 “基金预算支出”科目核算，借方记载有关基金支出的发生数，贷方登记支出收回或冲销转账数，借方余额反映基金预算支出累计数。