各级总预算会计管理的专用基金收入和支出年终相抵后的差额，是财政三项结余的一种。属于各级财政部门的净资产。

专用基金结余每年结算一次。年终财政部门将基金预算收入与基金预算支出冲光彩后，即为当年的专用基金结余。当年专用基金结余加上上年年末专用基金结余为本年年末滚存专用基金结余。

财政部1997年6月颁布的《财政总预算会计制度》设置“专用基金结余”科目对专用基金结余进行核算。年终，财政部门将全年的“专用基金收入”科目的期末贷方余额转入“专用基金结余科目”的贷方，即，借记“专用基金收入”科目，贷记“专用基金结余”科目；将全年的“专用基金支出”科目的末借方余额转入“专用基金结余”科目的借方，即借记“专用基金结余”科目，贷记“专用基金支出”科目。“专用基金结余”科目的年终贷方余额，反映本年专用基金的滚存结余，转入下年度。