涉密文件是指以文字、图表、音像及其他记录形式记载商业秘密内容的资料，包括公文、档案、书刊、函件、图纸、报表、磁盘、光盘、胶片、幻灯片、照片、录音带等。

涉密文件的管理包括收文、发文和日常管理三个主要环节。

1.收文环节的管理

收文管理包括检查、登记、批办、传递等步骤。收到密件后，首先要检查来文封皮的状态，看是否有损坏或被窃的痕迹，在回执单或送文簿上签署姓名、时间。其次，在专门的密件登记簿上登记收到的全部密件，除了常规的登记项目外，还应注明密级、编号、份数、制作日期。第三，将密件交由办公室主任处理。与本企业有关的商业秘密文件，办公室主任应当认真进行拟办，提出合理的利于保密的意见，再由分管领导根据拟办意见对密件处理作出决定。由于拟办意见关系到商业秘密的生死存亡，应当极为慎重，选择的承办部门、人员都要尽量认定为可靠的，而且知密的范围要尽量小。办理中由于需要其他部门及人员的协助而必须提供信息时，要先向他们声明保密原则，并尽可能地以最小的商业秘密信息量得到他们最大的协助。第四，密件必须由专人传递并负责跟踪密件的整个办理过程，密件在同一个人手中停留的时间不能太长，传递文件的文书人员应该做到及时送达，及时传阅，并监督办理过程。

2.发文环节的管理

发文环节包括草拟、审核、签发、复核、缮印、用印、登记、分发等程序。草拟文件时，有保密事项后应当马上做标记，并划定密级，限制秘密文件的范围。审核、签发与复核，是对文件内容的把关，层层监控为的是使企业的商业秘密在产生阶段就得到很好的保护，以减少后患。密件缮印要在专门的机要文件缮印部门进行，商业秘密文件的原稿与缮印稿都要注意保密，同时还要注意在缮印过程中留下来的一些印坏了的废弃文件，这些废弃文件要用碎纸机处理，不能随意堆放或卖给废品收购站。需要用印的文件要加盖发文机关或企业领导人的印章，一般应由负责人亲自加盖，企业有特殊规定的除外。要限制文件的发放范围和数量，待发的公文要进行封装，负责密件工作的文书人员应当认真清点密件的印数，核对要发往的机关部门，装封后加盖密级章，贴上密封条加盖密封章，通过机要交通或专人发送。

3.涉密文件的日常管理

首先，应根据信息的敏感性和重要性将企业信息划分为不同等级，设定不同的知密范围，限制信息的传播途径，积极主动的防止竞争对手窃取或通过合法途径获取本企业的信息。其次，企业应明确涉密人员的范围、权限和责任，严格控制商业秘密在本企业之中的传播范围，明确规定作为一项商业秘密，哪些人需要知道，哪些人不需要知道。否则人多口杂，一不留神就泄密，而且不利于责任的有效追究。第三，在库房管理中，可确立多人负责和有限职责的原则，采用分割组合方法保管存储商业秘密文件。例如，可将商业秘密的关键部分分解，限定员工只接触一部分，使每一涉密者不能拥有完整的商业秘密。库房设施要可靠，有条件的企业可以设密码门，只有文件管理人员才有密码通行证、定期更换密码；密件平时应锁入保险柜。第四，在用户利用管理中，要规定借阅范围、时间和签阅手续，管理者要跟踪密件的流动，最好借阅者就在机要室或阅文室查阅该文件，有特殊情况的也要当天借当天还。文件的复制要有规定和限制，原则上不应允许复制。商业秘密文件办完要及时归档，妥善保管，以免发生商业秘密纠纷时无法举证。

为确保敏感的公司文件的安全，对于废弃的文件，不要将它们往废物篓一扔完事，而应广泛使用文件粉碎机，将企业废弃文件彻底销毁，使文件无法复原，以免竞争对手从中分析出本企业的竞争动向。