在建设工程施工合同中，工程预付款是指在工程开工前，发包方按当年预计完成工程量造价总额的一定比例预先支付承包方的工程材料款，其主要用于购买工程所需的材料和设备。

按照我国有关规定，实行工程预付款的，双方应当在专用条款内约定发包方向承包方预付工程款的时间和数额，开工后按约定的时间和比例逐次扣回。预付时间应不迟于约定的开工日期前7天。

(1)预付备料款的金额。包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。在实际工作中，要根据各工程类型、合同工期、承包人式和供应体制等不同条件而定。

(2)工程预付款的扣回。扣回的方法如下。

①可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于备料款数额时起扣；从每次结算工程价款中；按材料比重扣抵工程价款；竣工前全部扣清。基本表达公式为:

T=P-M/N

其中:T为起扣点；M为预付备料款限额；N为主要材料所占比重；P为承包工程价款总额。

②建设部《招标文件范本》中规定，在承包人完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款，发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。